世上没有完美的东西，任何东西都存在一些缺点，包括木箱包装也一样！其一密封性差。因是实木板锯拼而成。木条间缝隙存在、密封不严、为了防雨必须在内部应用油毡或塑料袋。其二是缓冲性能差。实木板箱、箱板内外两面都是硬的，没有弹性、防震抗震能力极差，必须内填聚苯乙烯泡沫塑料或纸屑、棉纱等缓冲物才能保证内装商品不受损坏。
木箱包装最大的问题是与生态环境保护的矛盾。木箱消耗木材，而木材的生长速度又远远赶不上木箱的耗量。我国是个森森资源十分匡乏的国家，森林极盖率只有13%左右，居世界160个国家中的第120位。
近几年来由于滥砍滥伐，只砍不种，致使森林资源迅速消耗，造成水土严重流失，自然灾害不断加大。此外，木箱在出口商品运输中也遇到困难。深圳木箱介绍自1998年9月17日以来，美国、加拿大、英国和欧盟相继颁布命令禁止我国未经薰蒸、高温热处理或防腐处理过的木箱不得入境。这给我国的出口贸易带来了巨大的冲击。须知木材高温热处理需要在100`C温度下用蒸汽烘干3一5天，使木材中水分小于8%才能完全杀死包括虫卵在内的各种有害生物。成本高、难度大，为此国家急需开发新型包装材料。