木包装箱在运输货物的过程中难免会遇到一些情况或问题，具体可以分为以下几点运输过程中的问题：
一.运载工具不清洁造成包装箱污染。如承载过煤炭、化肥、农药等物质后，对运载工具不及时清洗会对再次运输的货物造成损害或污染。
二.运输途中不加盖蓬布造成雨淋、日晒，这也会造成包装箱破损、退色、老化等，在运输途中，尤其是长途运输，必须要加盖蓬布进行防雨、防日晒。
三.装载方法不当造成的木包装箱损害，如：
①装载货物不实，货与货之间有空隙，在运输途中造成货物之间互相碰撞、摩擦。
②装载货物倒置使内装物液体渗漏对其它包装箱浸泡和污染。
③货物在运载工具上的堆码不当，使底层货物承载过重，造成包装箱破损。除此之外，商品在运输过程中还有来自于汽车、火车、轮船装、飞机等交通工具的振动等等，必须采取相应的措施。