免熏蒸木包装箱的消毒方式有使用药物和热处理两种方式，其中使用药物消毒的方法使用药物为：溴甲烷、环氧乙烷，下面继续介绍：
1、把要熏蒸木包装箱的货物堆码整齐，用苫布盖好，四边压实，使之密封，但要留出一角做投药口。
2、在苫布下、货物旁放一盆清水，把药投入水中。
3、把预留的投药口压实，使需要熏蒸木箱的货物处于完全密封状态下保持24小时。
4、打开苫布通风，待毒气散尽即可移动货物，大概18~24小时。
5. 开出免熏蒸包装箱（消毒）证书。
免熏蒸木包装箱，按照以上的消毒方式进行消毒，以免影响正常的使用。